La AME se clasifica clínicamente en diferentes fenotipos, según la gravedad de los síntomas, la edad de aparición, la evolución y el número de copias de SMN2.

Tipo 0 o Forma prenatal: Los primeros síntomas ya se notan durante el embarazo (disminución de los movimientos fetales en las semanas 30-32). Al nacer presentan debilidad severa e hipotonía (falta de la contracción que tienen siempre los músculos, aunque estén en reposo). Los bebés con AME tipo 0 tienen graves dificultades respiratorias y fallecen a las pocas semanas de nacer.

Tipo I, Forma infantil o Enfermedad de Werdnig-Hoffmann (50-60% de los casos): Se suele diagnosticar durante los primeros seis meses de vida. Los niños presentan debilidad muscular grave, ausencia de reflejos o movimientos inconscientes al recibir un estímulo externo, temblores principalmente en los dedos e hipotonía generalizada. La debilidad hace que los niños no puedan sostener la cabeza ni lleguen a sostenerse sentados. Presentan también problemas respiratorios (en estos niños el pecho es más pequeño de lo normal ya que utilizan los músculos del abdomen para respirar, por lo que los pulmones no se desarrollan completamente) y dificultades para alimentarse (tienen problemas para succionar o tragar, y sufren aspiraciones frecuentes y atragantamientos por paso de secreciones o alimentos a los pulmones).

Algunos niños también presentan escoliosis (curvatura anormal de la columna vertebral) y otras alteraciones óseas. Su expectativa de vida rara vez es superior a 2-3 años, aunque actualmente está aumentando debido a la mayor atención clínica que se les dispensa.

Tipo II o Forma intermedia (30% de los casos): Los síntomas aparecen entre los 6 y los 18 meses. Al principio, los bebés pueden chupar y tragar normalmente, pero con el tiempo la debilidad muscular aumenta y se producen trastornos de la deglución.

Tienen la capacidad de sentarse, pero solo algunos son capaces de ponerse de pie. También suelen presentar temblores en los dedos y flacidez general.

Las complicaciones respiratorias y la escoliosis son los problemas más importantes en esta forma de la enfermedad. La expectativa de vida de estos pacientes es variable, aunque ha mejorado en los últimos años gracias a medidas proactivas y a un mejor manejo de las complicaciones basado en la rehabilitación, la ortopedia y la ventilación mecánica no invasiva.

Tipo III o Enfermedad de Kugelberg - Welander (10-20% de los casos): Es una forma más leve de AME y los síntomas suelen manifestarse a partir de los 18 meses.

Presentan un temblor fino en los dedos y con frecuencia tienen dolores y un uso excesivo de las articulaciones. Las piernas están más afectadas que los brazos y, aunque los pacientes pueden llegar a caminar de forma independiente, se caen con frecuencia y tienen problemas para subir y bajar escaleras. Estas habilidades las van perdiendo con el tiempo.

Cuanto más tarde se presenten los síntomas, el pronóstico es mejor:

- Aquellos pacientes que presentan síntomas antes de los 3 años, pierden con el tiempo la capacidad de mantenerse de pie y de caminar teniendo que utilizar muy pronto una silla de ruedas. (Tipo IIIa).

- Aquellos pacientes que presentan síntomas después de los 3 años pueden mantener la capacidad de caminar durante mucho más tiempo, incluso décadas. (Tipo IIIb)

La escoliosis y el acortamiento crónico de los músculos o tendones alrededor de las articulaciones, impide que estas se muevan libremente y provoca que se rompan con facilidad.

Tipo IV o Forma adulta (1-5% de los casos): Aparece en la segunda o tercera década de la vida. Los pacientes pueden caminar sin ayuda y en general sus alteraciones clínicas son menos graves. En estos pacientes la expectativa de vida es normal.

Al principio, los síntomas varían de leves a moderados y van progresando lentamente. Estos síntomas incluyen debilidad y atrofia de los músculos de la cara, la mandíbula y la lengua, lo que produce problemas al masticar, tragar y también cambios en el habla.

Con el tiempo se desarrollan temblores, espasmos y debilidad muscular, principalmente en los músculos de las piernas y de la cadera que progresa hacia los hombros y los brazos. También desarrollan pérdida de la sensibilidad en las manos y los pies.